昭和23年4月1日、東山公園協会は東山公園・動物園・植物園の発展充実を期すると同時に、同公園地帯一円の総合的施設の計画実現を促進する目的に設立されました。
昭和53年には任意団体であった東山公園協会を発展的に改組し、東山総合公園事業の発展、振興、啓発宣伝を行うとともに施設の充実を図ること目的に、財団法人東山公園協会として再発足しました。昭和54年からは動植物園の管理運営業務に取り組むとともに、収益事業の収入を東山総合公園の事業発展に充て、総合公園に協力する現在の基礎が作られました。平成25年4月には公益法人制度改革に伴い公益財団法人に移行しました。
東山公園協会は、東山総合公園の事業の発展振興に協力するとともに、動植物に関する知識と愛護思想の普及を図り、教育文化の向上に寄与することを目的としています。
*収益事業で得られる利益の50%を公益目的事業資金に繰り入れています。